Bár a fonéma általánosan használt fogalom a nyelvtudományban, korántsem problémátlan. Az ezzel kapcsolatos paradoxonok ugyanakkor egyáltalán nem lényegtelenek: nyilvánvaló, hogy ha egy nyelvészeti elméletben már az alapvető fogalmak értelmezése is ingatag, az ezekre ráépülő további ismeretekkel kapcsolatban is joggal vethetők fel elbizonytalanító kérdések.
A nyelvtudomány fonémafelfogásának nehézségeit, illetve ennek modellezési következményeit az alábbiakban az ún. hasonulások példáján keresztül igyekszem tézisszerűen felvázolni, erre támaszkodva pedig valamiféle megoldási javaslatot körvonalazni.
